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上海海關學院前身為創建于1953年的上海海關學校;1980年5月，經國務院批準，升格為上海海關專科學校;1996年4月，原國家教委批準學院更名為上海海關高等專科學校;2007年3月，經教育部批準，設立上海海關學院，成為新設置的全日制普通高等學校，海關高等教育事業翻開了嶄新的篇章;2011年獲得學士學位授予權。2012年12月，被國務院學位委員會正式批準為“服務國家特殊需求人才培養項目”--學士學位授予單位開展培養專業碩士學位研究生的試點工作單位;2013年9月，首屆稅務專業碩士研究生入學，開始了專業碩士研究生培養。2014年11月學校通過教育部本科教學工作合格評估。2018年4月國務院學位委員會批準學院成為碩士學位授予單位和公共管理以及稅務2個碩士專業學位授權點，海關管理專業成為世界海關組織PICARD標準認證專業。
學校現設有海關管理系、經濟與工商管理系、法律系、外語系、基礎部(思想政治理論部)等五個教學系(部);設置了海關管理、物流管理(口岸物流方向)、審計學、國際商務(國際關務方向)、稅收學、法學(涉關法學方向)、英語(商務應用方向)等7個本科專業和稅務碩士專業學位點，涵蓋管理學、經濟學、法學、文學等4個學科門類。其中，海關管理專業為國家控制布點特設專業，法學、稅收學專業分別是教育部第二、三批高等學校特色專業建設點。目前全日制在校生2213人，其中本科生2137人、研究生76人。
學校的主要任務是立足海關、面向社會，培養符合海關事業和經濟社會發展需要的應用型、復合型、涉外型的高素質海關管理專業人才以及服務口岸物流和國際商務的外經貿專業人才。并積極開展海關理論研究和國際交流。學校同時承擔海關系統中、高級干部繼續教育、知識更新和業務培訓等任務;并根據世界海關組織(WCO)的分工和亞太區域國家和地區的要求，逐步承擔該區域海關人員培訓任務，履行相應的國際義務。
學校現有專任教師151人，其中教授16人，副教授48人，具有高級專業技術職務教師的比例為42.4%。具有博士學位教師65人、碩士學位教師71人，具有研究生學歷教師的比例為90.1%。師資隊伍結構合理，教學科研水平較高。學校設有海關管理研究所和海關法、海關風險管理、關稅、海關公共關系、報關等研究中心，緊密結合海關改革發展和雙邊、多邊、區域海關國際合作中面臨的熱點、難點問題開展科學研究。2009年，學校獲準設立上海市社會科學創新研究基地、上海發展戰略研究所工作室。公開出版學術期刊《海關與經貿研究》。
學校在傳承海關行業辦學傳統、借鑒國內外名校辦學經驗基礎上，逐步形成了“開放辦學、內外兼修、專業合作、實踐育人”的教育發展的基本理念，緊緊圍繞學校的人才培養目標和規格，凸顯愛黨愛國的忠誠教育，把對黨忠誠、政治立場堅定放在人才培養的首位;遵規守紀的養成教育，把準軍事化管理貫穿于人才培養的全過程;開放融合的專業教育，把“大海關”育人理念滲透于人才培養的各環節;關校合作的實踐教育，把海關行業辦學的優勢充分體現于應用型人才培養的各階段。
學校始終堅持社會主義辦學方向，全面貫徹黨的教育方針，落實立德樹人的根本任務，扎根中國大地、對標海關行業需求，圍繞人才強校、關校合作、國際化三大發展戰略，穩步推進各項事業發展;學校堅持立地頂天，依特做特，以特促強，走特色辦學的內涵發展之路，努力把學生培養成：熟悉海關和外經貿物流法律法規及政策規定，精通業務規程，具有較強實踐能力的應用型人才;掌握學科基礎理論、專門知識和專業技能，具有獨立處理海關和以關務為核心進出口貿易事務專門工作能力的復合型人才;通曉和掌握國際通行規則，具有國際視野和開展對外交流與合作能力的涉外型人才，為中國海關事業發展提供人才保障和智力支持，為建設海關特色鮮明、服務國家戰略、具有國際影響力的一流高等學府而努力奮斗。
學校位于上海市浦東新區，占地面積521畝。按照教育部普通高等學校設置標準，學校建有現代化的教學樓、圖書館和先進的ATM校園網，教室都具備多媒體授課的條件;并建有數碼閱覽室、視聽室、文娛活動綜合樓、網球場、游泳館、體育館等配套設施，為學生營造一個良好的學習和生活環境。