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高等教育領(lǐng)域數(shù)字化綜合服務(wù)平臺
我國科學家構(gòu)建單細胞環(huán)形RNA分析技術(shù)及表達圖譜
環(huán)形RNA（circRNA）是一類在真核細胞中廣泛存在的內(nèi)源性非編碼RNA分子。單細胞全長轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的發(fā)展，可以對單個細胞中環(huán)形RNA進行捕獲測定，但效率較低，僅可部分揭示單細胞分辨率下環(huán)形RNA的表達模式。因此，單細胞水平的環(huán)形RNA表達及功能研究已成為該領(lǐng)域重點關(guān)注的問題。
科技部生物中心
2022-07-07
揭示RNA編輯核心蛋白ADAR全轉(zhuǎn)錄組RNA底物特征
開發(fā)了一個高效的捕獲RNA結(jié)合蛋白雙鏈RNA底物的建庫測序技術(shù)（irCLASH）以及后續(xù)的一整套生物信息學分析方法；首次在轉(zhuǎn)錄組水平上系統(tǒng)地繪制了人類ADAR蛋白的內(nèi)源雙鏈RNA底物圖譜；揭示了決定ADAR結(jié)合效率和編輯效率的底物特征和ADAR結(jié)合長雙鏈RNA的體內(nèi)模型。 該研究利用irCLASH技術(shù)系統(tǒng)構(gòu)建和分析了人類ADAR1、ADAR2及ADAR3的雙鏈RNA底物圖譜，發(fā)現(xiàn)與之前根據(jù)計算推導的研究設(shè)想不同，ADAR具有大量的、長距離的雙鏈RNA底物。該研究發(fā)現(xiàn)不完全互補配對的底物與ADAR蛋白也有很好的親和度，特別是ADAR2家族成員。研究還進一步揭示了決定ADAR結(jié)合效率和編輯效率的底物特征。irCLASH測序技術(shù)及后續(xù)的整套生物信息學分析方法的開發(fā)為研究雙鏈RNA結(jié)合蛋白的內(nèi)源底物提供了新的工具。同時，該研究揭示的ADAR與底物相互作用及催化特性為研究人員開發(fā)高效的RNA編輯工具提供了資源寶庫及改進方向。
中山大學
2021-04-13
兩萬多擬南芥公共RNA-seq文庫的生物大數(shù)據(jù)在線分析平臺
發(fā)布的數(shù)據(jù)庫（Arabidopsis RNA-seq database, ARS）整合了來自GEO、SRA、ENA和DDBJ數(shù)據(jù)庫的20,068個擬南芥RNA-seq數(shù)據(jù)，提供了“Google-style”在線查詢工具。該研究對所有文庫進行了基因表達水平定量和共表達網(wǎng)絡(luò)分析，并將所有文庫進行分類，總共涉及1176個突變體、1102種處理條件、12個
南方科技大學
2021-04-14
利用A-to-I RNA編輯揭示miRNA及其反義RNA的相互調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
利用A-to-I RNA編輯作為miRNA反義鏈表達的有利證據(jù)。通過靶向RNA測序技術(shù)，宋玉龍和李麗詩等利用A-to-I RNA編輯推導鏈表達的方向，揭示了miRNA基因座反義RNA的廣泛表達和編輯現(xiàn)象。宋玉龍和李麗詩等發(fā)現(xiàn)miRNA和其反義RNA形成了一個相互調(diào)控的網(wǎng)絡(luò)：miRNA可以下調(diào)其反義RNA的表達水平；反義RNA在轉(zhuǎn)錄水平和轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控miRNA的表達和加工。此外，A-to-I RNA編輯可以穩(wěn)定反義RNA的結(jié)構(gòu)，避免其被配對的miRNA所降解。這一研究揭示了前人所未知的miRNA反義鏈編輯現(xiàn)象的廣泛性，為RNA編輯的研究開辟了新的研究方向。
中山大學
2021-04-13
發(fā)布包含兩萬多擬南芥公共RNA-seq文庫的生物大數(shù)據(jù)在線分析平臺
翟繼先課題組此次發(fā)布的數(shù)據(jù)庫（Arabidopsis RNA-seq database, ARS）整合了來自GEO、SRA、ENA和DDBJ數(shù)據(jù)庫的20,068個擬南芥RNA-seq數(shù)據(jù)，提供了“Google-style”在線查詢工具。該研究對所有文庫進行了基因表達水平定量和共表達網(wǎng)絡(luò)分析，并將所有文庫進行分類，總共涉及1176個突變體、1102種處理條件、12個組織和176個發(fā)育時期，同時也對突變體和處理條件分別同對應(yīng)的對照組進行差異表達分析。
南方科技大學
2021-04-14
天津市級課程思政優(yōu)秀案例-Python數(shù)據(jù)分析與應(yīng)用 - 奧運獎牌數(shù)據(jù)分析
本思政案例值巴黎奧運會火熱舉辦之際，以奧運會數(shù)據(jù)為載體，引導學生運用Python的Pandas庫進行數(shù)據(jù)清洗、篩選與聚合分析，并通過Plotly工具實現(xiàn)數(shù)據(jù)可視化。案例巧妙融合數(shù)據(jù)分析技能培養(yǎng)與思政教育，通過剖析我國奧運獎牌數(shù)據(jù)變化，讓學生直觀感受國家體育事業(yè)的蓬勃發(fā)展，深切領(lǐng)悟體育強國戰(zhàn)略背后蘊含的國家意志與民族精神。同時，鼓勵學生從數(shù)據(jù)中探尋體育精神內(nèi)核，內(nèi)化于心、踐之于行，涵養(yǎng)積極人生態(tài)度與愛國情懷。此外，案例數(shù)據(jù)可視化呈現(xiàn)國際競技格局，助學生理解多元包容、拓寬國際化視野，增強民族自豪感與文化自信，實現(xiàn)知識傳授與價值引領(lǐng)的有機統(tǒng)一。
天津市大學軟件學院
2025-05-21
RNA修飾m6A去甲基酶FTO對多種RNA修飾底物的去甲基分子機理
FTO對人體發(fā)育至關(guān)重要，F(xiàn)TO酶活功能的紊亂會影響發(fā)育和多種疾病的發(fā)生，包括肥胖和癌癥等。N6-甲基腺嘌呤（m6A）作為mRNA上含量最為豐富的甲基化修飾，是首個被報道的FTO去甲基酶活生理底物。之后陸續(xù)報道FTO生理底物還包括mRNA上5’帽端后的N6，2'-O-二甲基化腺嘌呤（cap m6Am），snRNA的m6A和m6Am，tRNA的N1-甲基腺嘌呤（m1A），除此之外還有體外活性底物單鏈DNA上的N6-甲基脫氧腺嘌呤（6mA）和N3-甲基胸腺嘧啶（3mT）與單鏈RNA上的N3-甲基尿嘧啶（m3U）。FTO如何識別眾多的核酸修飾堿基，是否有催化選擇性，如何結(jié)合多種RNA，F(xiàn)TO為什么對cap m6Am的活性高于單鏈RNA上的m6A，及FTO為什么對單鏈RNA或DNA上的m1A沒有活性卻對tRNA或莖環(huán)結(jié)構(gòu)上的m1A有活性？回答這些FTO的酶催化分子機制有待于蛋白-核酸復合物晶體結(jié)構(gòu)的解析。然而FTO蛋白與核酸底物結(jié)合力太弱，致使獲得FTO蛋白-核酸復合物晶體結(jié)構(gòu)一直是該領(lǐng)域的挑戰(zhàn)和難點。
北京大學
2021-04-11
植物RNA化學修飾m6A
鑒定了擬南芥中的 m6A 去甲基酶 ALKBH10B ，發(fā)現(xiàn) ALKBH10B 缺失會導致擬南芥顯著的晚花表型， ALKBH10B 通過影響 FT ， SPL3 和 SPL9 的甲基化水平調(diào)控擬南芥的成花誘導。不同的識別蛋白通過對 m6A 的結(jié)合，對 mRNA 的加工代謝產(chǎn)生不同的調(diào)控作用， 進而 影響細胞不同的生理功能。通過開發(fā)甲醛交聯(lián)- 免疫共沉淀(Formaldehyde-crosslinking and immunoprecipitation, FA-CLIP) 技術(shù)，鑒定出全轉(zhuǎn)錄組水平的ECT2-mRNA 相互作用位點，揭示ECT2 主要結(jié)合mRNA 的 3' 非翻譯區(qū)(3'UTR), 并且傾向于結(jié)合保守序列 URUAY (R=G>A, Y=U>A, 其中 UGUAY 序列 占 90% 以上 ) 。使用植物細胞核裂解液進行的體外酶活實驗和凝膠遷移實驗（ EMSA ）證明 UGUA 序列為 植物特有的m6A 保守序列，且UGUm6A 可以被ECT2 高特異性識別。亞細胞定位實驗表明ECT2 蛋白分布于細胞核和細胞質(zhì)，結(jié)合高通量測序數(shù)據(jù)分析，推測ECT2 具有雙重功能，ECT2 可能在細胞核中通過結(jié)合甲基化的UGUA 調(diào)控pre-mRNA 的 3'UTR 加工，在細胞質(zhì)中ECT2 促進mRNA 的穩(wěn)定性。進一步機理研究發(fā)現(xiàn)影響表皮毛發(fā)育的三個基因ITB1, TTG1 及DIS2 的轉(zhuǎn)錄本可以被m6A 修飾且被ECT2 結(jié)合，在 ECT2 的T-DNA 插入突變體中，ITB1, TTG1 及DIS2 的mRNA 穩(wěn)定性降低，mRNA 表達量水平降低，繼而導致 ect2 突變體中表皮毛分叉數(shù)增多。
北京大學
2021-04-11
植物新生RNA的剪切動力學
內(nèi)含子是基因中不具有編碼作用的片段，它會被轉(zhuǎn)錄到前體RNA中，但在mRNA加工過程中被剪切掉，而內(nèi)含子剪切是真核生物mRNA成熟的關(guān)鍵步驟。在酵母中，當RNA聚合酶II(Pol-II)轉(zhuǎn)錄到內(nèi)含子下游45nt時已經(jīng)有一半的內(nèi)含子完成了剪切。但高等真核生物，尤其植物中RNA共轉(zhuǎn)錄剪切速率，剪切狀態(tài)和其他RNA加工過程之間的關(guān)系又是什么樣的呢？為解答這一疑惑，翟繼先課題組開展了系列研究分析。
南方科技大學
2021-04-14
一種光控RNA標記新技術(shù)
研究開發(fā)了 “ 熒光團輔助的 RNA 鄰近標記和測序技術(shù) ” ，簡稱 “CAP-seq” 。 該方法通過可見光激發(fā)遺傳靶向的光敏蛋白 miniSOG 產(chǎn)生活性氧， 介 導鄰近 RNA 分子上的鳥嘌呤與具有生物正交功能把手的氨基探針進行共價交聯(lián)，既而通過富集純化與高通量測序檢測，實現(xiàn) miniSOG 定位的亞細胞區(qū)域內(nèi) 轉(zhuǎn)錄 組的空間特異性標記與鑒定。 利用 CAP-seq ，他們系統(tǒng)研究了幾個亞細胞區(qū)域的轉(zhuǎn)錄組，包括線粒體基質(zhì)轉(zhuǎn)錄組 、 內(nèi)質(zhì)網(wǎng)表面 轉(zhuǎn)錄組 以及 線粒體外膜附近轉(zhuǎn)錄組。這些研究結(jié)果表明 CAP-seq 對 活細胞中開放區(qū)域的 RNA 標記具有良好的空間特異性和覆蓋度 。 他們在線粒體外膜附近檢測到 30 個編碼氧化磷酸化途徑相關(guān)蛋白的 RNA 和多達 55 個編碼核糖體蛋白的 mRNA ，這一結(jié)果不僅支持了線粒體蛋白在線粒體外膜被翻譯后直接轉(zhuǎn)運進線粒體的模型，還暗示著線粒體功能可能與蛋白質(zhì)的翻譯調(diào)節(jié)有關(guān)。 CAP-seq 具有操作簡單、空間選擇性高、生物相容性好的特點，將成為一項適合于在多種生物系統(tǒng)中研究亞細胞 轉(zhuǎn)錄組 的新技術(shù)。
北京大學
2021-04-11