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基于細長反應腔的全基因組擴增方法
本發明提出了一種基于細長反應腔的全基因組擴增方法，其特征在于將多重鏈置換擴增反應體系注入細長型的反應腔中，完成對目標基因組的全基因組擴增。細長形的反應腔體將多重鏈置換擴增反應體系相對分隔于一個細長的反應腔中，各微觀反應單元之間的物質交換和相互影響大為減少，因此各微觀反應單元以一個相對獨立的狀態發生反應，目標核酸各個片段之間的擴增一致性得到很大提升。同時，基于細長反應腔的多重鏈置換擴增，不需要預先制備微液滴發生裝置或復雜反應微腔，并且在系統調試和擴增反應的過程中，不需要對微量液體進行精密和復雜的控制，
東南大學
2021-01-12
闡明了紅樹基因組水平的趨同進化機制
紅樹植物是生長在海岸潮間帶環境的木本植物，包含了不同分類類群的數十個物種，是研究適應性趨同進化的極佳對象。課題組選擇了三個主要的紅樹植物類群共16種代表性的紅樹物種，進行了全基因組或轉錄組測序組裝，在全基因組水平檢測趨同進化。通過系統發育分析發現三個紅樹植物類群起源的時間十分接近，共同經歷了歷史上海平面的升降，并逐步適應潮間帶環境。論文進一步發展了準確估計分子水平趨同進化的方法，以陸生植物為對照，通過檢測趨同氨基酸替代的方法，成功收集到70多個在紅樹植物中趨同進化的基因。此外還發現紅樹植物更多的趨同進化發生在氨基酸組成和氨基酸替代模式的改變。相比于陸生植物，紅樹植物趨同地改變了9種氨基酸的使用頻率，更多地發生了平常少見的氨基酸替代模式。這種氨基酸組成的趨同進化有助于紅樹植物適應高鹽、動蕩且營養貧瘠的海岸潮間帶環境。這項研究通過合適的物種選取、大量的基因組數據和完備的對照組設置，首次真正在基因組水平上準確地檢測出趨同氨基酸替代位點。
中山大學
2021-04-13
轉基因抗蟲棉新品種華雜棉H318
可以量產/n華雜棉H318是以陸地棉B0011品系為母本，轉Bt/CpTI雙價抗蟲基因陸地棉4-5品系為父本，進行人工去雄雜交配制的雜種一代優勢組合。2009年通過國家審定，同時獲得農業轉基因生物生產應用安全證書。該品種的主要特點：產量高：兩年長江區試結果表現為子棉、皮棉和霜前皮棉畝產分別為246.3kg/666.7m2、101.9kg/666.7m2、95.5kg/666.7m2，分別為對照湘雜棉8號的104.7%、109.7%、110.5%；纖維品質優良：試驗統一送樣測試，長度30.3毫米，斷裂
華中農業大學
2021-01-12
癌細胞簡化自身基因組冗余序列以便快速增殖
核糖體DNA編碼核糖體的關鍵組分-核糖體RNA，對蛋白質翻譯和細胞增殖具有重要的作用。然而，核糖體DNA的拷貝數在人類基因組中是易變的，由于技術手段的限制，人們對哺乳動物細胞如何維持和控制核糖體DNA的拷貝數和穩定性所知甚少。本研究應用計算生物學和數字微滴式PCR（Droplet digital PCR）方法分析了正常和癌癥狀態下，人類和小鼠基因組中核糖體DNA的拷貝數和序列變異情況。發現人類癌癥基因組中核糖體DNA拷貝數出乎意料地顯著減少，并伴隨許多其他基因拷貝數的變異。此外，癌癥基因組的核糖體DNA序列也更易發生突變。 根據文獻證據的提示，研究團隊進一步探討了癌癥模型中mTOR（哺乳動物雷帕霉素靶蛋白，mammalian target of rapamycin）功能與核糖體DNA拷貝數減少的關系。發現Pten基因（mTOR信號通路的負調控因子）敲除的白血病小鼠模型中，癌癥造血干細胞早期就出現核糖體DNA拷貝數的減少，但其細胞增殖、核糖體RNA合成和蛋白翻譯水平等均顯著提高。說明核糖體DNA拷貝數丟失是mTOR通路過表達的癌癥的一種常見特征。這一研究結果提示，測定核糖體DNA拷貝數，可成為預測癌癥對DNA損傷藥物敏感性的一個簡單而有效的新指標。
中山大學
2021-04-13
一種控制甘藍型油菜種子種皮顏色的基因、甘藍型油菜黃籽突變體材料的獲取方法及其應用
本發明屬于油菜分子育種技術領域，尤其涉及一種控制甘藍型油菜種子種皮顏色的基因、甘藍型油菜黃籽突變體材料的獲取方法及其應用。本發明利用CRISPR/Cas9技術靶向BnTT8同源基因，通過遺傳轉化得到突變體單株，經過自交分離，獲得了不含T?DNA插入的雙拷貝純合突變體。該突變體的種子表現為黃籽，顯微觀察種子的橫切面發現，雙純合突變體的內種皮沒有原花色素的積累，而單純合突變體和野生型的內種皮中均包含有清晰可見的原花色素積累。對這些突變體進行品質分析發現，BnTT8基因的雙拷貝純合突變體含油量顯著增加。BnTT8基因對于油菜種子的品質改良具有巨大的應用潛力和前景，為油菜品質育種提供新的種質資源。
華中農業大學
2021-01-12
王國俊研究員與合作團隊聯合發現病毒編碼蛋白新機制:病毒基因與人類基因融合產生新型嵌合蛋白
RNA病毒一直給人類健康帶來巨大威脅。分節段負鏈RNA病毒（sNSV）通過自身攜帶的RNA聚合酶搶奪宿主細胞mRNA的5’端帽子結構，轉錄為病毒mRNA，合成的病毒mRNA是由宿主基因和病毒基因組成的嵌合mRNA。此過程被稱為“Cap-snatching”，是sNSV復制周期中的關鍵環節。 一直以來，人們認為：病毒mRNA翻譯的蛋白只包含病毒基因的開放閱讀框（ORF），宿主來源的mRNA序列的作用是其5’端帽子結構可供宿主細胞翻譯體系識別，其他宿主源遺傳信息沒有合成病毒蛋白的功能。 該研究揭示了病毒編碼蛋白的新機制。 研究發現，病毒搶奪過來的宿主源mRNA片段，不僅起到5’端帽子結構的作用，而且這些宿主源mRNA片段包括起始密碼子（AUG），宿主細胞可以從宿主的AUG開始翻譯，編碼兩類宿主與病毒的嵌合蛋白。若宿主源AUG與原有病毒蛋白ORF在同一讀碼框中（in-frame），產生的蛋白為 N 端延長的宿主與病毒嵌合蛋白； 若宿主源AUG與原有病毒蛋白ORF不在同一讀碼框中（off-frame），產生的蛋白為新型的嵌合蛋白（Novel host-virus encoded proteins）。 進一步研究結果發現：流感病毒感染細胞后可以產生上述兩類嵌合蛋白，這些嵌合蛋白可以誘導T細胞反應，并且與病毒的毒力相關。該研究提示，這種新的病毒蛋白編碼機制可能不僅僅局限于流感病毒，在其他人類病毒、動物病毒和植物病毒中也廣泛存在這種宿主與病毒嵌合蛋白的編碼機制。 本研究是由美國紐約西奈山伊坎醫學院（Icahn School of Medicine at Mount Sinai）牽頭，多國科研工作者共同合作完成。
內蒙古大學
2021-02-01
轉基因小鼠骨骼肌營養不良模型的構建方法
本發明提供一種轉基因小鼠骨骼肌營養不良模型的構建方法，其是利用Tet?on系統與轉基因技術構建可以在肌肉內特異性誘導表達microRNA29a和microRNA29b1的轉基因小鼠，可作為人Ullrich型先天性肌營養不良的實驗動物模型，與Ullrich型先天性肌營養不良的表現相同，本發明構建的實驗動物模型在生長過程中也存在嚴重的呼吸問題，約17％的小鼠會在斷乳前由于呼吸障礙而死亡，全部轉基因鼠會出現骨骼肌發育不良，為人Ullrich型先天性肌營養不良的治療與研究提供了有力的工具。
中國農業大學
2021-04-11
一種估計基因組育種值的方法及裝置
本發明實施例提供一種估計基因組育種值的方法及裝置，該方法包括：根據矩陣M?1的子塊數和預設的MPI進程數n，確定MPI進程MPIi讀取的根據表型數據文件的記錄條數、矩陣A?1中的個體數和所述MPI進程數n，確定MPI進程MPIi讀取的系數矩陣Wi和根據MPI進程MPIi的系數矩陣Wi和確定待估計的基因組育種值。本發明實施例可以實現計算機資源與運算速度的最優化，節約運算時間，提高工作效率。
中國農業大學
2021-04-11
基因放療引起放射性腦損傷相關SNP標志物
放療是鼻咽癌首選的治療方式，而放療引起的放射性腦損傷是鼻咽癌患者最嚴重的晚期不良反應之 放療是鼻咽癌首選的治療方式，而放療引起的放射性腦損傷是鼻咽癌患者最嚴重的晚期不良反應之 一。該不良反應往往具有不可逆性，極大地影響患者的生活質量。放射性腦損傷一旦發生，治療頗為困 一。該不良反應往往具有不可逆性，極大地影響患者的生活質量。放射性腦損傷一旦發生，治療頗為困 難，因此，對接受放療的鼻咽癌患者進行放射性腦損傷發病風險預測，對高危個體提前采取針對性的保護措施，實現腫瘤的個體化治療，顯得尤為重要。 本發明公開了DISC1FP1基因上的SNP位點rs10501719作為與腫瘤放療引起的放射性腦損傷發病風險相 關的標志物的應用。同時，制備得到一種預測腫瘤放療引起的放射性腦損傷發病風險的試劑盒，利用該試 劑盒檢測SNP標志物分型，聯合患者臨床信息可以更加全面準確的評估鼻咽癌患者發生放射性腦損傷的患 病風險。
中山大學
2021-04-10
SARS-CoV-2基因組分析進化和起源的研究
2020年3月8日，安徽師范大學在bioRxiv上上傳了一篇題為Genome-widedata inferring the evolution and population demography of the novel pneumonia coronavirus (SARS-CoV-2) 的研究分析，作者使用10個新測序的SARS-CoV-2基因組，并結合GISAID數據庫中的136個基因組，通過不同的分析方法（如EBSP、錯配和中性檢測等）研究前三個月數據的遺傳變異和統計。 結果顯示80個單倍型共有183個突變位點，包括27個簡約性信息位點和156個單一位點。對遺傳多樣性的滑動窗口分析表明，SARS-CoV-2基因組豐度的變化有一定范圍，這可以解釋目前這種病毒的廣泛和高適應性。遺傳學分析不支持穿山甲是中間宿主。在最初的單倍型（H14）中，一個患者樣本居住在華南海鮮市場附近（約2公里），這表明患者有無意識接觸該市場史的可能性很高。然而，基于這個線索，也無法準確斷定這個市場是否是SARS-CoV-2的起源中心。此外，從這個市場收集的16個基因組，包含10個單倍型，表明市場在短期內出現循環感染，這可能導致武漢和其他地區爆發SARS-CoV-2。EBSP結果顯示，第一個估計的擴展日期從2019年12月7日開始，這表明SARS-CoV-2的傳染可能在11月中下旬開始。
安徽師范大學
2021-04-10