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首次構建了完整的食道小細胞癌基因組圖譜，發(fā)現(xiàn)了8個高頻突變基因，包括5個在癌癥中研究的比較廣泛的基因TP53、RB1、NOTCH 1、FAT1和FBXW7；以及3個未在腫瘤中報道過的高頻突變基因PDE3A、PTPRM和CBLN2。       研究還發(fā)現(xiàn)，細胞周期、p53、Notch 信號通路以及Wnt通路相關基因的體細胞改變積累。提示這些通路的改變可能是導致食道小細胞癌惡性進展的關鍵。其中Wnt/β-catenin通路中DVL3和上游基因的擴增、以及下游分子的表達上調，證實了該通路在食道小細胞癌中顯著激活，是食道小細胞癌中重要的分子事件，今后需要進一步研究這一現(xiàn)象背后的機制。       研究還發(fā)現(xiàn)了與染色質重塑過程有關基因的顯著改變，并觀察到食道小細胞癌中與小細胞肺癌相似的體細胞基因組改變，如p53和RB1缺失以及Notch家族中的突變。其中，攜帶Notch家族基因突變的病人生存顯著差于未攜帶Notch家族基因突變的病人。       此外，通過和多種腫瘤的突變圖譜和拷貝數(shù)變異圖譜對比分析發(fā)現(xiàn)，食道小細胞癌與小細胞肺癌相比更接近食道鱗癌和頭頸部鱗癌，提示來源于食道的小細胞癌與來自肺的小細胞癌有不同的生物學背景。這些結果提示來自不同部位的小細胞癌具有異質性，并不能被作為同一類型疾病診治。       本研究揭示了食道小細胞癌的基因圖譜，發(fā)現(xiàn)了關鍵的基因組變異，并為更好地理解食道小細胞癌的發(fā)病機制和為這類惡性疾病患者制定更好的治療策略提供了理論基礎。

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骨肉瘤是一種青少年常見的惡性骨腫瘤，目前治療手段主要是外科切除加化療，這種治療方式存在很多不足。該課題擬通過放射與基因手段聯(lián)合應用進行治療骨肉瘤研究，依據(jù)可信，立項充分。自殺基因CD/5-FC 和HSV-TK/GVC 系統(tǒng)基因治療臨床試驗方案已經得到了一定程度地開展，并且取得了不錯的結果，而本課題通過輻射誘導基因Egr-1 啟動子調控雙自殺基因CD/TK，治療骨肉瘤，從一個新的角度開展治療骨肉瘤的研究，立體新穎，如果該方法被驗證可行，將會為骨肉瘤的治療提供一種新的治療手段。該課題組已經構建出GFP 做標志的Egr-1 調控CD/TK 雙自殺融合基因的腺病毒載體pAdEgr-1-CD/TK，而且已經證明其序列正確以及Egr-1 的活性，因此在此基礎上進一步研究其對骨肉瘤的治療效果，實驗方法可行，預計能夠按時完成課題項目。

該成果先后獲得江蘇省科技進步一等獎、國家科技進步二等獎。創(chuàng)建了機插毯苗、缽苗兩套“三控”育秧新技術； “三協(xié)調”高產優(yōu)質栽培途徑及生育診斷指標體系； 毯苗、 缽苗機插水稻“三協(xié)調”高產優(yōu)質栽培技術新模式等多種栽培技術。 先后被農業(yè)部與蘇、皖、鄂、贛等省列為主推技術；在 2015 至 2017 年期間，累計應用 8952.7 萬畝，新增稻谷 335.1 萬噸，增收 97.6 億元，節(jié)本 17.3 億元，累計新增效益 114.9 億元。

羊草水孔蛋白及其編碼基因與應用,目前對于羊草的研究僅限于人畜的食用及成份分析等方面,而將其作為耐旱植物對其分子生物學方面的研究還少見報道.羊草水孔蛋白,是具有以下氨基酸序列的蛋白質:(1)序列表中的SEQ IDNo:1;(2)序列表中SEQ ID No:1的氨基酸序列經過一個或幾個氨基酸殘基的取代,缺失或添加,且與SEQ ID No:1蛋白質序列具有相同活性的,由SEQ IDNo:1衍生的蛋白質.將本發(fā)明的水孔蛋白的編碼基因轉入其它植物,可增強轉基因植物的抗旱能力.本發(fā)明應用于植物基因工程領域.

2020年2月4日上海復旦大學公共衛(wèi)生學院張永振團隊在《自然》雜志發(fā)表了與中國呼吸道疾病爆發(fā)相關的病毒的基因組序列，該病毒基因組從就職于出現(xiàn)首批患者的海鮮市場的一名病人身上獲得。基因組分析顯示，該病毒與此前在中國蝙蝠體內找到的一組SARS樣冠狀病毒密切相關。 張永振及同事研究了一名41歲的男性海鮮市場工人，其于2019年12月26日在武漢一家醫(yī)院住院，表現(xiàn)出呼吸系統(tǒng)疾病癥狀，包括發(fā)燒、胸悶和咳嗽。聯(lián)合使用抗生素、抗病毒藥和糖皮質激素進行治療，但患者表現(xiàn)出呼吸衰竭，治療三天后病情無改善。團隊對從患者收集的支氣管肺泡灌洗液（肺分泌物）進行了基因組測序。他們鑒定出了一種新型病毒，并發(fā)現(xiàn)該病毒基因組與蝙蝠體內發(fā)現(xiàn)的SARS樣冠狀病毒有89.1%的核苷酸相似性。盡管從單個患者的分析中不可能得出該冠狀病毒是當前疫情爆發(fā)原因的結論，不過團隊的這些發(fā)現(xiàn)已被針對其他患者的獨立調查研究證實。 

本技術成果通過整合電化學、微機電和自動化控制技術，開發(fā)了一套適合于 出入境口岸動物疫病等的現(xiàn)場快速檢測設備 便攜式動物疫病現(xiàn)場檢測儀。檢 測儀在結構上不同于現(xiàn)有的進口濁度儀，采用自主開發(fā)的微機電加熱技術保證疫 病基因的高效等溫擴增，同時集成可視化微型紫外檢測模塊使得結果的觀察和判 斷更為方便。該儀器具備穩(wěn)定的溫度控制電路、便捷的結果檢測方式，體積小方 便攜帶，且具有自主知識產權，避免了使用價格昂貴，且不便攜帶的實時濁度儀、 PCR儀或水浴鍋，適合于出入境口岸對動物疫病等進行現(xiàn)場的快速診斷或篩查。實驗樣機采用鏈置換聚合酶引導下的環(huán)介導等溫擴增反應生成大量焦磷酸 鎂沉淀和DNA產物的原理，包括四路并行的單色激光器和二極管陣列光電檢測 器，實現(xiàn)對樣本中的生物基因（DNA）進行實時檢測和分析。同時，利用磁珠 法提取核酸的基本理論，研制了手持式核酸提取裝置，對細胞中的核酸（DNA 和RNA）完成純化和提取，完成的樣本前處理工作，整個過程不需要離心機，單 個提取時間不超過30分鐘。從樣本前處理到后續(xù)的基因檢測，完成單個樣本檢 測的平均時間不超過60分鐘，可以實現(xiàn)對食品、農產品、肉制品、水產品中各類 病原微生物的快速檢測和現(xiàn)場查驗。

通過對個體全基因組單核苷酸多態(tài)性（SNP）信息與疾病表型的全基因組關聯(lián)分析，以及兩階段獨立人群驗證，最終在2942例鼻咽癌患者中發(fā)現(xiàn)了位于14號染色體上CEP128 基因啟動子區(qū)的變異位點rs17111237與放射性腦損傷的發(fā)生存在顯著關聯(lián)，攜帶危險型等位基因的個體CEP128基因的表達水平顯著較低。特別地，聯(lián)合臨床危險因素，攜帶危險基因型的高危鼻咽癌患者放射性腦損傷五年發(fā)病風險為攜帶保護基因型的低危患者的3倍。CEP128基因編碼中心體蛋白，在纖毛形成和細胞周期調控中起著至關重要的作用。研究表明，CEP128可通過與CASK、CEP72等蛋白相互作用，維持纖毛的功能并調節(jié)細胞對射線等外界刺激的反應。我們進一步以放射性腦損傷的主要靶細胞——神經膠質細胞為模型探究了CEP128基因的功能，通過克隆形成實驗發(fā)現(xiàn)敲減CEP128基因的表達顯著增加了神經膠質細胞的放射敏感性。

開發(fā)了一種還原敏感的多功能載體材料，載體的疏水性嵌段包載抗腫瘤光動力藥物Ce6，攜帶NTA基團的嵌段則通過NTA和Cas9蛋白末端His標簽之間的特異性結合高效負載Cas9蛋白/sgRNA復合物，然后通過靜電組裝在外層引入靶向腫瘤組織的iRGD分子。這樣的載體結構設計和藥物聯(lián)合輸送為實現(xiàn)腫瘤組織特異性的基因編輯和聯(lián)合治療提供了可行性。納米藥物靶向輸送至腫瘤細胞后，在近紅外光的輻照下，Ce6產生的活性氧使溶酶體破裂，使納米藥物從溶酶體中逃逸出來，NTA和載體聚合物之間的二硫鍵可響應胞質內的谷胱甘肽等還原劑而斷裂，從而將Cas9蛋白/sgRNA復合物從載體上釋放出來，執(zhí)行基因編輯功能。在正常的組織中，由于沒有近紅外光的輻照，Cas9蛋白/sgRNA復合物難以從溶酶體中逃逸，無法執(zhí)行基因編輯的功能。通過紅外光輻照和還原敏感設計實現(xiàn)了腫瘤組織特異的基因編輯。此外，腫瘤細胞在受到Ce6所生成活性氧攻擊時，會上調Nrf2（一種活性氧代謝的關鍵蛋白）的表達，提高腫瘤細胞對活性氧的耐受性。使用靶向Nrf2基因的sgRNA，可以通過聯(lián)合輸送的Cas9蛋白/sgRNA復合物使Nrf2基因失活，提高腫瘤細胞對活性氧的敏感性。總而言之，通過多功能載體聯(lián)合輸送Ce6和Cas9蛋白/sgRNA復合物，一方面實現(xiàn)了腫瘤特異性的基因編輯，另一方面也實現(xiàn)了基因編輯和光動力治療的聯(lián)合治療，協(xié)同提高了基因編輯的特異性和治療效果，為基因編輯技術的發(fā)展提供了一個新的方向。